يشكل الديوان العام للمحاسبة من ادارات واقسام فنية وادارية حسب متطلبات العمل وتطوره ويصدر رئيس الديوان القرارات والتعليمات اللازمة لتنظيم هذه الادارات والاقسام وتحديد اختصاصاتها وصلاحياتها.

يكون على راس كل اداره مدير يختاره الرئيس من بين موظفي الديوان الاكفاء لتصريف أمورها والاشراف على اعمالها وتوجيه موظفيها في حدود الانظمة واللوائح ويكون لكل من هذه الادارات مساعد للمدير يختاره رئيس الديوان او من يفوضه.

لمديري الادارات اصدار التعليمات والارشادات والتوجيهات اللازمة لتنظيم العمل وحسن سيره في الادارات التابعة لهم في حدود الانظمة، وعلى مدير كل ادارة ان يقدم في نهاية كل ثلاثة اشهر الى نائب الرئيس تقريرا عن سير العمل في الاداره التابعه له يبين فيه ما انجزه موظفو ادارته من اعمال خلال هذه الفترة، وأسباب التأخير في حالة حدوثه، وما اتخذ من اجراءات حياله ووسائل العلاج له، وايضاح مدى ما يبذله موظفو اداراته من نشاط، وما وصلوا اليه من خبرة وكفاءة في العمل، واقتراح اساليب تطوير العمل، واحتياجات النمو في ادارته.

يتولى مدير كل ادارة او قسم عرض المسائل التي يحتاج الامر فيها الى عرض على رئيسه المباشر مالم يصدر بغير ذلك تعليمات من رئيس الديوان.

تتولى الادارات المختصة باعمال التدقيق والتفتيش والمكاتب الفنية الاخرى اعداد التقارير السنوية عن الحسابات والمهمات المكلفة بها وتقديمها الى الاداره المختصة في موعد يمكن هذه الاداره من دراستها وصياغتها في التقرير السنوي للديوان.

تحدد واجبات موظفي الادارات والاقسام والمكاتب والفروع وكيفية تاديتهم لاعمالهم في لائحة داخليه تصدر بقرار من رئيس الديوان، كما يتم التنسيق بين اعمال هذه الوحدات وتنظيم صلاتها بعضها ببعض وبالجهات الخاضعة للرقابة وفقا للقرارات التي يصدرها رئيس الديوان.

يقرر رئيس الديوان مكان عمليات الفحص والمراجعة والتفتيش على حسابات الجهات الخاضعة لرقابة الديوان في مقر الديوان او في مقار الجهات الخاضعة لرقابته حسب امكانيات الديوان وما تقتضيه المصلحة.

يمنح الديوان موظفيه الذين تتطلب وظائفهم القيام باعمال في الجهات الخاضعة لرقابته بطاقات تفتيش ومراجعة تمكن حاملها من الحصول على التسهيلات اللازمة في الجهات التي يكلف باداء عمل من اعمال وظيفته بها، ولهؤلاء الموظفين الحق في القيام بمهماتهم دون حاجة الى مراجعة رئيس الجهة او الاستئذان منه وذلك في الحالات التي يكون فيها عنصر المفاجاة لازما لتحقيق الغاية في الرقابة كحالات جرد الصندوق ونحوها.

على الوزارات والدوائر الحكومية ان تقدم للديوان حساباتها الشهرية المنصوص عليها في التعليمات المالية خلال خمسة عشر يوما من تاريخ انتهاء الشهر الذي تعود اليه هذه الحسابات وفيما يختص بحسابات الشهر الاخير من كل سنة مالية فان موعد تقديمها للديوان يتم تحديده في منشور اقفال الحسابات الذي تصدره وزارة المالية والاقتصاد الوطني في نهاية كل سنة ماليه بالاتفاق مع الديوان.

على امناء الصناديق في الوزارات والمصالح والدوائر الحكومية والفروع التابعة لها ان يقدموا الى الديوان محاضر بجرد صناديقهم في نهاية كل شهر مصدقا عليها بالصحة من محاسبي هذه الجهات ومديري الادارات المالية او رؤساء الفروع حسب الحالة وذلك خلال خمسة الايام التالية لتاريخ انتهاء الشهر الذي يعود اليه الجرد المذكور.