يكون للمؤسسة رئيس تنفيذي يعين بقرار من المجلس، ويحدد القرار أجره ومزاياه المالية، ويكون هو المسؤول عن إدارة المؤسسة وتسيير أعمالها، وتنسيق العمل فيها، ويمارس الاختصاصات والصلاحيات الآتية:
1- اقتراح المبادرات والبرامج والمشاريع للمؤسسة وخطط تنفيذها، ورفعها إلى المجلس لاعتمادها.
2- اقتراح الهيكل التنظيمي للمؤسسة، ورفعه إلى المجلس لاعتماده.
3- اقتراح اللوالح الإدارية والمالية وغيرها من اللوائح اللازمة لتسيير شؤون المؤسسة، ورفعها إلى المجلس لاعتمادها.
4- الإشراف على سير العمل في المؤسسة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة.
5- تعيين العاملين في المؤسسة وفقًا للوائح المنظمة لذلك والإشراف عليهم، وإنهاء خدماتهم.
6- التعاقد لتنفيذ الأعمال والخدمات وغيرها، وفقاً للأنظمة والصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
7- اتخاذ ما يلزم تجاه أي معالجة فنية أو تقنية أو تشغيلية مناسبة لرفع كفاءة عمل المؤسسة.
8- تقديم تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال المؤسسة ومنجزاتها ونشاطاتها والعوائق التي تواجهها، تمهيداً لاستكمال ما يلزم في شأنها.
9- الإشراف على إعداد مشروع ميزانية المؤسسة، والتقرير السنوي، والحساب الختامي، تمهيداً لعرضها على المجلس لاعتمادها.
10- تمثيل المؤسسة أمام الغير والقضاء داخل المملكة وخارجها في نطاق ما يحدده له المجلس في هذا الشأن، وله تفويض غيره في ذلك.
11- الاستعانة بالخبراء وبيوت الخبرة والمستشارين والشركات المتخصصة في مجال عمل المؤسسة بما يحقق أهدافها، وفقاً لضوابط يحددها المجلس.
12- التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكلات بعد موافقة المجلس، وفقاً للإجراءات النظامية.
13- متابعة تنفيذ القرارات الصادرة من المجلس أو القرارات ذات الصلة بأعمال المؤسسة.
14- القيام بمهمات الأمانة العامة للمجلس.
15- تنفيذ أي مهمة أخرى يرى المجلس تكليفه بها.