تهدف الهيئة إلى تنظيم الأنشطة الملاحية وتمكين ممارسة الأنشطة البحرية في النطاق الجغرافي، وذلك بما يضمن تحقيق الاستخدام الأمثل والمستدام لها، ويسهم في رفع كفايتها. وللهيئة القيام بكل ما يلزم في سبيل تحقيق أهدافها، ومن ذلك ما يأتي:
1- وضع السياسات والاستراتيجيات والخطط والبرامج اللازمة لتمكين ممارسة الأنشطة البحرية، وتنظيم الأنشطة الملاحية والعمل على تنميتها واستدامتها، والرفع عما يتطلب استكمال إجراءات في شأنه، وذلك دون إخلال بالاختصاصات المنوطة بالجهات الأخرى.
2- إصدار التراخيص والتصاريح اللازمة لتنظيم الأنشطة الملاحية في النطاق الجغرافي، وفق متطلبات واشتراطات يضعها المجلس، على ألا يخل ذلك باستكمال المتطلبات والاشتراطات المعتمدة لأي جهة معنية أخرى.
3- تمكين ممارسة الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية، وذلك بالتنسيق مع الجهات المعنية.
4- متابعة متطلبات واشتراطات وإجراءات الجهات ذات العلاقة المتصلة بتمكين ممارسة الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية، واقتراح ما تراه من شأنها.
5- مراجعة اختصاصات ومهمات الجهات التي تمارس أعمالًا ضمن النطاق الجغرافي، واقتراح ما ترى تعديله منها، وذلك بالتنسيق مع تلك الجهات.
6- اقتراح ما تراه حيال الاختصاصات والمهمات غير المنظمة من الجهات ضمن النطاق الجغرافي -إن وجدت- مع مراعاة ألا يخل ذلك بالجوانب المتصلة بالبيئة والموارد الطبيعية، ومتطلبات الأمن والسلامة البحرية، والرفع عما يلزم.
7- وضع آلية -بالتنسيق مع الجهات المعنية- تضمن التحقق من حماية البيئة البحرية في المواقع التي تمارس فيها الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية، على أن تتضمن هذه الآلية تحديد دور الهيئة في متابعة تنفيذها، وما يلزم اتخاذه بشكل عاجل في حال الإخلال بها.
8- إسناد بعض مهماتها إلى جهات حكومية، وذلك بالاتفاق مع الجهة المسند إليها، وإسناد بعض مهماتها إلى القطاع الخاص، وفق ضوابط يعتمدها المجلس.
9- تشجيع ممارسة الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية، واتخاذ ما يلزم لتمكين الراغبين في ممارستها من ذلك.
10- اتخاذ ما يلزم لتشجيع وجذب الاستثمار في الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية، بالتنسيق مع الجهات المعنية.
11- تقديم المساندة الإدارية والفنية والاستشارية للمستثمرين في الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية بما في ذلك المنشآت الصغيرة والمتوسطة، بالتعاون مع الجهات المعنية.
12- العمل على تسويق الأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية لجذب الممارسين المستهدفين لتلك الأنشطة.
13- تحديد الاحتياجات الحالية والمستقبلية اللازمة لتهيئة البنى التحتية للأنشطة الملاحية والأنشطة البحرية في النطاق الجغرافي، والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة للعمل على اتخاذ ما يلزم في شأنها.
14- الاستفادة من الممارسات الدولية في هذا المجال من أجل تطوير الأنشطة البحرية، واتخاذ ما يلزم حيال ذلك.
15- التعاون وتبادل الخبرات مع الهيئات والمنظمات الإقليمية والدولية، وذلك في حدود اختصاصات الهيئة.
16- عقد وتنظيم الملتقيات والمؤتمرات والمنتديات والمعارض البحرية داخل المملكة وخارجها والمشاركة فيها، وفقًا للأحكام النظامية ذات الصلة.