تهدف الهيئة إلى تنظيم نشاط النقل بالخطوط الحديدية والإشراف على سلامة تشغيله، وتتولى القيام بمهماتها ومسؤولياتها وفقاً لهذا التنظيم، ولها على وجه الخصوص ما يلي :
1- إصدار التراخيص لمقدمي خدمات النقل بالخطوط الحديدية.
2- مراقبة المنافسة غير المشروعة في مجال تقديم خدمات النقل بالخطوط الحديدية وضبطها.
3- وضع المعايير والشروط الفنية الخاصة باستخدام مرافق الخطوط الحديدية.
4- وضع الشروط والضوابط المتعلقة بدخول الخطوط الحديدية واستعمالها والمرافق التابعة لها.
5- وضع معايير السلامة الخاصة بنشاط النقل بالخطوط الحديدية بعد التشاور مع الوزارات والهيئات الحكومية ذات الصلة ومراقبة تنفيذ تلك المعايير.
6- التحقيق فنياً في أي حادث أو عارض يؤدي إلى وقوع حادث أو تعطيل أو خسائر لمرافق الخطوط الحديدية.
7- نشر التقارير المتعلقة بحوادث الخطوط الحديدية، وكذلك أية توصية في شأن التشغيل الآمن لنشاط النقل بالخطوط الحديدية.
8- توفير المعلومات الإحصائية عن خدمات النقل بالخطوط الحديدية للوزارة وللجهات الأخرى بالشكل المناسب.
9- الاستعانة بالوكالات المتخصصة والمؤسسات العلمية أو الفنية أو المستشارين المؤهلين، وكذلك التعاون والتنسيق مع الوزارات والهيئات والجهات الحكومية لأجل إنجاز مهمات الهيئة بكفاية وعلى أفضل وجه.
10- الاشتراك في عضوية الهيئات والمنظمات الفنية الداخلية أو الدولية ذات العلاقة بتنظيم نشاط النقل بالخطوط الحديدية وفقاً للأنظمة.
11- العمل على حماية مصالح المستخدمين المتعلقة بخدمات النقل بالخطوط الحديدية، ومراقبة أداء المرخص لهم لواجباتهم المتعقلة بهذه الخدمات.