تنفذ عقوبات السجن في السجون، ويودع من يصدر بشأنه أمر توقيف من السلطات المختصة دور التوقيف وذلك وفقا لأحكام هذا النظام ولائحته التنفيذية. ومع عدم الإخلال بالقواعد المتعلقة بمعاملة الأحداث.

تنشأ بقرارات من وزير الداخلية سجون للرجال وأخرى للنساء ودور توقيف للرجال وأخرى للنساء على أن يراعى في إنشائها الاستجابة لحاجات وحدات التقسيم الإداري للمملكة وتحدد اللائحة التنفيذية قواعد إدارة السجون ودور التوقيف وسجلاتها والقواعد الخاصة بحراستها، والشروط الصحية ووسائل السلامة فيها.

يشرف على تنفيذ العقوبات وأوامر التوقيف مديرية عامة للسجون تتبع وزارة الداخلية وتمارس اختصاصاتها في المناطق المختلفة بالمملكة بوساطة أجهزة تابعة لها، وذلك طبقا للأوضاع التي تحددها اللائحة التنفيذية.

أ- لوزير الداخلية أن يأمر بتنفيذ سجن الأجانب وتوقيفهم في أماكن خاصة أو أقسام خاصة في دور السجن والتوقيف.
ب- لرئيس أمن الدولة في الجرائم التي تمس الأمن الوطني أن يأمر بالآتي:
1- تنفيذ السجن والتوقيف بواسطة إدارة خاصة، ويمارس المدنيون والعسكريون صلاحياتهم فيها وفق ضوابط تصدر بقرار من رئيس أمن الدولة، وما تقضي به أحكام هذا النظام فيما لم يرد به نص في تلك الضوابط.
2- إصدار تصريح في شأن اسم المسجون والموقوف وبياناتهما ومعلوماتهما متى أثير موضوعهما بشكل لافت للرأي العام أو مخالف للحقيقة، وكان من شأن ذلك تحقيق مصلحة عامة أو خاصة، وتحدد الضوابط المشار إليها في الفقرة (1) وسيلة هذا التصريح.

تخضع السجون ودور التوقيف للتفتيش القضائي والإداري والصحي والاجتماعي وذلك وفقا لأحكام اللائحة التنفيذية.

ينشئ وزير الداخلية بقرار يصدره مجلسا أعلى للسجون تكون مهمته إجراء الدراسات الخاصة بتطوير دور السجن والتوقيف على نحو يحقق الهدف منها، ويجعلها أكثر فعالية في تقويم المحكوم عليهم وذلك فضلا عن اقتراح وسائل مكافحة الجنوح والعود وكل ما يحقق الصالح العام في هذا المجال.
ويختار وزير الداخلية أعضاء المجلس من ذوي التخصصات المختلفة.

لا يجوز إيداع أي إنسان في سجن أو في دار للتوقيف أو نقله أو إخلاء سبيله إلا بأمر كتابي صادر من السلطة المختصة، ولا يجوز أن يبقى المسجون أو الموقوف في السجن أو دور التوقيف بعد انتهاء المدة المحددة في أمر إيداعه.
وتحدد اللائحة التنفيذية إجراءات إيداع المسجونين والموقوفين وإثبات إيداعهم ونقلهم وإخلاء سبيلهم في السجلات التي تُعدّ لهذا الغرض.

يجب أن يفتش كل مسجون أو موقوف قبل دخوله السجن أو دار التوقيف وأن يؤخذ ما يوجد معه من نقود أو أشياء ذات قيمة وتودع خزانة السجن أو دار التوقيف لتسليمها إليه عند الإفراج عنه أو تسلم لمن يعينه السجين، ما لم يتضمن الأمر بالسجن أو التوقيف خلاف ذلك.

يصادر ما يخفيه المسجون أو الموقوف أو يمتنع عن تسليمه، أو يحاول غيره خفية توصيله إليه في السجن.

تضع اللائحة التنفيذية قواعد تقسيم المسجونين وفقا لنوع الجرائم المحكوم عليهم من أجلها وخطورتها وتكرار ارتكابها ووفقا لمدد العقوبة وللأسس التي تيسر تقويم المحكوم عليهم.