وقد بينت المادة الخامسة اختصاصات المجلس التي من أهمها القيام بإعداد مشروع اللائحة التنفيذية وإصدار القرارات المتعلقة بتنظيم الأمور المتغيرة بشأن تطبيق هذا النظام والتي من أظهرها تحديد مراحل تطبيقه، وتحديد أفراد أسرة المستفيد المشمولين بالضمان الصحي التعاوني وبيان كيفية ومقدار نسبة مساهمة المستفيد وصاحب العمل في قيمة الاشتراك في الضمان الصحي التعاوني بحيث يترك أمر تحديد الطريقة التي يساهم بها المستفيد في قيمة الوثيقة بحسب ما يراه مجلس الضمان الصحي، كما ترك النظام للمجلس تحديد الحد الأعلى لقيمة الاشتراك في وثيقة الضمان الصحي، وذلك بناء على دراسة متخصصة، وفي ذلك ما يتيح المجال للمنافسة بين شركات التأمين ضمن حد أعلى لا يجوز تجاوزه وفي هذا ما يحقق المصلحة للمستفيدين.
وقد أعطى النظام مجلس الضمان الصحي هذه السلطة في إصدار القرارات لأن هذه الاختصاصات والمهام المتغيرة تستلزم أن يكون إصدار القرارات الخاصة بها بأداة نظامية مرنة لا تتطلب الكثير من الإجراءات، وفي هذا ما يحقق التطبيق المتأني والمتدرج للنظام.
كما منحت هذه المادة المجلس صلاحية تأهيل شركات التأمين التعاوني للعمل في مجال التأمين الصحي، وسلطة اعتماد المرافق الصحية التي تقدم خدمات الضمان الصحي التعاوني، وتحديد المقابل المالي لهذه الخدمات.
وأنيط بالمجلس مهمة إصدار اللائحة المالية لإيراداته ومصروفاته بما في ذلك أجور العاملين فيه ومكافآتهم بعد أخذ رأي وزارة المالية والاقتصاد الوطني، كذلك أنيط به مهمة إصدار اللائحة الداخلية لسير العمل فيه. وللمجلس بمقتضى هذه المادة تعيين أمين عام له، وتكوين أمانة عامة تنظم أعمال المجلس وتساعده على إنجاز مهماته.