بموجب تنظيم هيئة المدن الاقتصادية فإن مجلس إدارة الهيئة هو السلطة المسؤولة عن المدن الاقتصادية، ويتوجب على المجلس تحقيق وتعزيز الأمن والسلامة والصحة والازدهار الاقتصادي والمصلحة العامة في المدن الاقتصادية من خلال الهيئة التي يتولى إدارتها الأمين العام. وهو المسؤول التنفيذي عن إدارتها ويتمتع بكامل الصلاحيات لتحقيق هذه الواجبات بموجب هذه اللائحة.
للهيئة إصدار اللوائح التنظيمية واللوائح الداخلية وبيانات السياسات والأذونات والاستثناءات والقواعد والقرارات والأوامر الضرورية لأداء واجباتها ولضمان تحقيق الأمن والسلامة والصحة والازدهار الاقتصادي والمصلحة العامة في المدن الاقتصادية، تكون جميع هذه الأدوات التنظيمية ملزمة للمطورين و المشغلين و المستثمرين و العاملين و المقيمين و الزائرين داخل المدن الاقتصادية.
للهيئة وحدها صلاحية طلب وإصدار التراخيص والتصاريح والشهادات اللازمة لممارسة مهامها.
تدار كافة القطاعات التنظيمية بالهيئة أو وكالات الهيئة المشكّلة بحسب لوائحها التنظيمية أو أي جهة أخرى تفوضها الهيئة.
بموجب تنظيم الهيئة. تقوم الهيئة بالتنسيق مع الجهات الحكومية المعنية بشأن تصاريح العمل واللوائح البيئية. والاتفاق مع وزارة الداخلية بشأن الإدارة الأمنية ولوائح الأمن المعمول بها في المدن الاقتصادية .
تكون للهيئة جميع سلطات تنفيذ الأنظمة والقواعد واللوائح والقرارات والأوامر في المدن الاقتصادية المقرة من المجلس.
تكون للهيئة سلطة تسوية المنازعات في المدن الاقتصادية، وعليها وضع آلية لتسوية المنازعات.
تكون للهيئة سلطة إصدار اللوائح والقواعد وبيانات السياسات والأدلة والقرارات التنفيذية وأي أدوات نظامية أو أدوات حوكمة أخرى تراها مناسبة من أجل التنفيذ والقيام بواجباتها المنصوص عليها في تنظيم الهيئة وهذه اللائحة .